Naruto und seine Kameraden schleichen sich unbemerkt in den Unterschlupf Orochimarus und treffen auf Sai. Narutos Wunsch, die Bindung zu Sasuke zu erhalten, erinnert Sai an seine eigenen Gefühle. Auch er hilft den Kameraden nun hochmotiviert bei der Suche nach Sasuke. Und dann, nach zweieinhalb Jahren, sehen sich die …
Pain, Anführer von Akatsuki, und seine Gefährtin Konan setzen sich in Bewegung, um den in Amegakure eingedrungenen Jiraiya zu jagen! Der geheimnisvolle Pain kennt Jiraiya von früher! Pain hat sich seither stark verändert... Was ist im Laufe seines Lebens nur passiert?!
»Dann musst du einfach noch stärker werden« - Kakashi schlägt Naruto, der den unschlagbar starken Sasuke nicht zurückholen konnte, eine überraschende Trainingsmethode vor. Währenddessen ist ein neues Duo von Akatsuki auf dem Weg nach Hi-no-Kuni...